К 1917 в Петрограде действовали два католических духовных учебных заведения: академия и семинария. Первая из них была образована указом императора Николая I от 1 июля 1833 и в 1842 перенесена в Санкт-Петербург. Последними ректорами академии были: в 1910–1913 – Александр Каковский и в 1914–1918 – Идзи Бенедикт Радзишевский. 62 выпускника академии впоследствии были возведены в сан епископа. В академии воспитывались не только богословы, священники и архиереи, но и многие будущие исповедники и мученики. 4 выпускника были причислены к лику святых, по отношению к 8 – католическим новомученикам в России XX в. – в 2002 был начат процесс беатификации. Так, в академии принял рукоположение в священники ее будущий духовный отец, а позднее архиепископ Варшавский блаженный Зигмунт Щенсны Фелинский. Блаженным был провозглашен и профессор Академии, затем Виленский епископ Ежи Матулевич. Завершается процесс беатификации профессора академии, в дальнейшем епископа Минского и Пинского Зигмунта Лозинского и нескольких выпускников-новомучеников: епископа Владивостокского Кароля Сливовского, архиепископа Иоанна Цепляка, прелата Константина Будкевича и др.
Академия вынуждена была прекратить свою деятельность в 1918, вскоре после Октябрьской революции. В начале этого года, в связи с угрозой закрытия, у ректора академии Идзи Радзишевского возник план создания высшего католического учебного заведения в ставшей вскоре независимой Польше. Организационный комитет университета был создан в феврале 1918 в Петрограде. Комитет выбрал Люблин местом расположения нового теологического университета. В апреле 1918 митрополит Могилевский Эдуард фон Ропп передал будущему университету все права Петроградской академии. Перевезенное из Петрограда собрание книг заложило основу библиотеки университета. К лету 1918 занятия в академии прекратились, часть студентов и преподавателей, в т. ч. ректор Идзи Радзишевский, в июне переехали в Люблин, где во второй половине года был открыт католический университет. В 1919 советскими властями был реквизирован и вывезен архив академии, а ее здание передано Эстонскому пролетарскому университету. В апреле 1920 сотрудники Петроградской ЧК провели в здании обыск и обнаружили белье, мебель и посуду, которые передали Эстонскому университету, тогда же была закрыта часовня святого Иоанна Кантия, преобразованная в 1919 в приходскую церковь. До осени 1922 в нескольких опечатанных ЧК помещениях академии хранилась ее библиотека и вещи Петроградского отделения Варшавского общества охраны древностей.
Занимавший здание академии с весны 1919 Эстонский пролетарский университет в 1923 был преобразован в Эстонский практический институт народного образования, а в 1924 – в Эстонский педагогический институт. В 1926–1934 здание также занимало Ленинградское общество исследования финно-угорских народностей, в 1936–1937 – Эстонский педагогический техникум, а затем – Областной учительский институт. В 1965 в помещениях бывшей академии располагались фотоцех типографии «Художник РСФСР», зеркальный цех Северо-Западного речного пароходства и цех № 3 полиграфической фабрики № 2. В дальнейшем здание заняли факультеты Педагогического института (ныне Российского государственного педагогического университета) им. А. И. Герцена. В настоящее время здесь находится филологический факультет и Институт постдипломного образования при университете. Помещение церкви святого Иоанна Кантия до недавнего времени использовалось в качестве учебных аудиторий, значительная часть исторического убранства была утрачена. (уцелели лепка, камины и т. п.). О том, что раньше здесь находился храм, свидетельствует размещенный на стене здания барельеф, изображающий глаз и исходящие из него лучи, – символ Пресв. Троицы.
Второе учебное заведение – семинария в той или иной форме просуществовала значительно дольше. Начиная с первого набора (1879) и до последнего (1916/17), семинария приняла в свои стены 997 человек, из которых было рукоположено в священники около 700. Из-за отсутствия средств и невозможности свободного проезда учеников занятия фактически прекратились к концу 1917. В 1918 семинария была закрыта вместе с часовней, ее здание реквизировали для размещения красноармейского госпиталя. В октябре 1923 имущество семинарии было передано Московско-Нарвскому районному отделу народного образования и секции рабфаков.
Из-за острого недостатка священнослужителей Могилевской архиепархии в 1921 была предпринята попытка воссоздания нелегальной семинарии. По поручению архиепископа Иоанна Цепляка, ее организовал священник Антоний Малецкий, ставший ректором. Занятия проводились в здании больничного корпуса бывшей семинарии. Всего обучалось 10 воспитанников, официально работавших в государственных учреждениях. Несмотря на конспиративный характер учебного заведения, в справочнике Могилевской архиепархии за 1923, давалась не только информация о нем, но и состав руководства. Инспектором семинарии был священник Павел Ходневич, духовным отцом – священник Антоний Василевский, управляющим – священник Лукиан Хвецько, среди преподавателей был о. Константин Будкевич. Все они ранее преподавали в архиепархиальной семинарии.
В марте 1923 ректор семинарии о. Антоний Малецкий и еще 14 петроградских священнослужителей были арестованы и осуждены. После этого занятия семинарии были перенесены на квартиру ее нового ректора священника Михаила Рутковского, но и он оказался в том же году арестован. Большинство семинаристов в 1923– 1924 выехало в Польшу, только двое – Юлиан Цимашкевич и Болеслав Юревич к 1926 окончили курс и были тайно рукоположены в апреле 1926 католическим епископом Антонием Церром, жившим на покое в пос. Зельц, вблизи Одессы.
В мае 1926 года находившийся в СССР посланник Ватикана епископ Мишель д`Эрбиньи в ходе встречи с председателем комиссии по религиозным делам при Наркомюсте Петром Смидовичем получил согласие на открытие богословских курсов для подготовки священников. 24 октября 1926, для преподавательской деятельности в будущей семинарии, в Одессу прибыли двое священников из Общества Иисуса – Йозеф Швайгль и Йозеф Ледит (из Австрии и Канады), 3 ноября они прибыли в Ленинград. Здесь еще в октябре епископ Антоний Малецкий и священник Доминик Иванов-Столбинский предприняли попытку организации новой нелегальной семинарии. С помощью австрийского посольства в Ленинград были доставлены учебники и богословская литература, в стране провели набор слушателей. На заседании курии было принято решение, до официального разрешения властей, разместить семинарию, под видом сдачи в наем излишков жилой площади, на квартире ректора – священника Антония Василевского (Невский пр., д. 32/34, кв. 92/2) и начать занятия с ноября. При этом два иезуита, остановившихся в церкви Французской Божией Матери, в которой они совершали богослужения, были высланы из страны уже через несколько дней – за нарушение запрета на занятие религиозной деятельностью иностранными поданными.
В начале ноября начались занятия. Немецкий язык преподавал епископ Антоний Малецкий, катехизис и Священное Писание – ректор о. Антоний Василевский, латинский язык и философию – инспектор о. Доминик Иванов-Столбинский, историю, польский язык и литургику – о. Станислав Пржирембель, литовский язык – о. Августин Процкетис. Всего в семинарии занимались 8 человек, они жили у ректора, где им предоставляли бесплатное содержание. Занятия проводились вечером, так как официально семинаристы работали или учились в светских учреждениях. Часть семинаристов покинула заведение, проучившись меньше месяца. В семинарии осталось 6 воспитанников. Она прекратила существование в ночь на 14 января 1927, после того как в квартире о. Антония Василевского и помещениях двух тайных монашеских общин был произведен обыск. ГПУ арестовало о. Антония и всех семинаристов, двое из которых, староста Казимир Тысовский и Донат Воронко, были приговорены к 5 годам заключения в лагере, по обвинению в шпионаже в пользу иностранных государств. К различным срокам лагерей и ссылки приговорили священников Антония Василевского, Доминика Иванова-Столбинского, Яна Тройго и Павла Хомича, а 12 мирян и монахинь, проходивших по делу, были отправлены в ссылку.
После своего возвращения из ссылки епископ Антоний Малецкий 4 декабря 1928 тайно рукоположил в Ленинграде в сан священника двух воспитанников нелегальной семинарии в Киеве – Юзефа Ковальского и Анджея Рыбалтовского. Вскоре епископ Антоний предпринял еще одну попытку организации семинарии в Ленинграде. В ней учились 4 человека: Лев (Леон) Буйновский, Каетан (Константин) Шиккер, Иосиф Межицкий и Иван (Казимир) Ляус. Днем они работали, а по вечерам слушали лекции на квартире епископа, которые читали священнослужители. Гомилетику, латинский и французский языки преподавал о. Иоанн Амудрю, литургику – о. Теофил Матулянис, епископ Антоний читал Священное Писание, апологетику и историю Церкви, духовным отцом семинаристов был о. Мечислав Шавдинис. Однако в мае – июне 1930 семинаристы были арестованы по обвинению в организации национал-шовинистической католической польской молодежной организации и в ноябре 1930 приговорены к 3 годам лагерей. Таким образом, семинария Могилевской архиепархии окончательно прекратила существование. Ее историческое здание в 1920-е использовалось сначала в качестве общежития, затем как отдельные жилые помещения. В годы Великой Отечественной войны пострадало от попаданий бомб, но было восстановлено. В 1993–1995 его поэтапно возвратили в пользование Католической Церкви.
Михаил Шкаровский